История кафедры ведет свое начало c 1994г., когда были созданы лаборатории «Экология» и «Безопасность жизнедеятельности» при естественно-техническом факультете. Первые заведующие лабораторий: лаборатории «БЖД» - Суродин Ю.Д., лаборатории «Экология» - Родина Е.М.
Специальность метеорология в КРСУ официально открыта в 1994 г. С1994-1996 г. - по профилю специальности Метеорология открыты: 4 учебные лаборатории: геофизики, физической метеорологии и методов метеорологических измерений. В 1996 г. - открыта учебная лаборатория по профилю специальности – гидродинамических и синоптических методов анализа и прогноза погоды (в 1998 г. преобразованная в учебный Метеоцентр). В 2002 г. создана научно-учебная Гидрометеорологическая обсерватория.
С 2011 г. кафедра перешла на подготовку «бакалавров» по Направлению 05.03.04 - Гидрометеорология. 2015 г. состоялся последний выпуск специалистов-метеорологов (набора 2010 г.) и первый выпуск бакалавров направления Гидрометеорология (набора 2011 г.). Ежегодно с 1999 по 2022гг. кафедра выпускала и выпускает от 6 до 16 дипломированных специалистов и бакалавров.
    В 2017 г.  Гидрометеорологическая обсерватория кафедры по Программе развития КРСУ, финансируемой РФ, получила современное научное и лабораторное оборудование – станцию по контролю состава атмосферного воздуха, которая в автоматическом режиме осуществляет мониторинг состава атмосферы по 12 загрязняющим веществам. Аналогов такого оборудования в данное время в КР не имеется. С 20 декабря 2018 г. станция мониторинга атмосферы КРСУ работает в оперативном режиме.